内设职能部门及职责简介
办公室：负责机关日常运转工作；筹备组织重要会议、活动；组织起草区纪委监委有关文件文稿；督促检查有关工作部署的落实情况；牵头负责纪检监察对外交流与合作事宜；负责全区纪检监察信息化建设统筹规划、基础网络建设、软件开发、信息系统运维保障；负责机关后勤服务、财务管理、国有资产管理等。
纪检监察干部管理监督室：负责监督检查全区纪检监察系统干部遵守和执行党章和其他党内法规，遵守和执行党的路线、方针、政策和决议、国家法律法规等方面的情况；受理全区纪检监察干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，按照干部管理权限，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。
宣传教育室：负责组织协调全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉洁文化建设工作；负责机关的新闻事务和有关网络信息工作等。
党风政风监督室：负责综合协调贯彻执行党的路线、方针、政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行；综合协调贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作；综合协调整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、党的问责等方面工作。
信访室：负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告；受理对区纪委监委作出的党纪政务处分或者其他处理决定不服的申诉、复审申请；综合分析信访举报情况；接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等。
案件监督管理室：负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理市纪委监委交办、领导批办和有关方面移交、报送的问题线索；归口管理审查调查工作中与司法等部门的联系协调事项；对调查措施使用进行监督管理，监督检查纪检监察机关依纪依法安全办案情况等；承担区委反腐败协调小组办公室的日常工作。
第一至第八纪检监察室：主要履行依规依纪依法监督、执纪审查和依法调查处置的职责。监督检查联系单位（地区）领导班子及区管干部遵守、执行党章党规党纪和宪法法律法规，贯彻执行党和国家的路线、方针、政策以及重大决策部署，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况；监督检查联系单位（地区）党委（党组）落实管党治党主体责任的情况，指导、检查、督促纪委监委（派驻、派出机构）落实纪检、监察责任；承办涉嫌违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，并提出处理建议；综合、协调、指导联系单位（地区）的纪检监察工作等。
案件审理室：负责审理区纪委监委直接审查调查和下级党的组织、纪检监察机关报批或者备案的违反党纪和职务违法、职务犯罪案件；承办对区纪委监委作出的党纪政务处分或者其他处理决定不服的申诉、申请复审案件，以及其他需要由区纪委监委办理的申诉、复核案件等。
机关党委：负责机关党群工作。
区纪委监委派驻纪检监察组
派驻第一纪检监察组负责综合监督：区人大机关、区政协机关、区委办公室（区机要局、区国家密码管理局、区国家保密局、区档案局）、区委研究室（区委全面深化改革委员会办公室）、区委宣传部（区委网络安全和信息化委员会办公室、区精神文明建设指导委员会办公室、区互联网信息办公室）、区民政局、区退役军人事务局、区档案馆、区残疾人联合会机关、南京秦淮科技创新创业发展集团有限公司、南京越城建设集团有限公司。
派驻第二纪检监察组负责综合监督：区人民法院、区人民检察院、区政府办公室（区委外事工作委员会办公室、区政府外事办公室、区政府研究室）、区委政法委员会、区应急管理局、区国有资产监督管理办公室、区行政审批局（区政务服务管理办公室）、区信访局（区委信访局）、区地方金融监督管理局（区政府金融工作办公室）、南京市秦淮国资控股集团有限公司、南京城南历史文化保护与复兴有限公司。
派驻第三纪检监察组负责综合监督：区委组织部（区委非公有制企业和社会组织工作委员会、区党史工作办公室、区公务员局）、区委机构编制委员会办公室（区事业单位登记管理局）、区委老干部局、区委党校、区教育局（区委教育工作委员会）、区人力资源和社会保障局、区文化和旅游局（区体育局）、区审计局（区委审计委员会办公室）、区统计局、南京夫子庙文化旅游集团有限公司、南京历史城区保护建设集团有限责任公司。
派驻第四纪检监察组负责综合监督：区水务局、区城市管理局（区综合行政执法局）、区商务局、区投资促进局、区市场监督管理局（区知识产权局）、区总工会机关、共青团区委机关、区妇女联合会机关、区红十字会机关、南京明商投资控股集团有限公司、南京安城建设集团有限公司。
派驻第五纪检监察组负责综合监督：区委统一战线工作部（区委台湾工作办公室、区政府台湾事务办公室、区民族宗教事务局、区政府侨务办公室）、区发展和改革委员会（区工业和信息化局、区大数据管理局）、区科学技术局、区司法局（区委全面依法治区委员会办公室）、区财政局、区建设局、区住房保障和房产局、区卫生健康委员会、区人民防空办公室、南京壹城建设集团有限责任公司。